Podgrad ima zelo pesto zgodovinsko zapuščino, saj se ime kraja oz. gradu v zgodovinskih virih pojavi že v trinajstem stoletju. Vendar pa je prva naselbina na tem prostoru verjetno obstajala še pred prvo omembo gradu.
Pregled zgodovine Podgrada pri Ljubljani in okolice je naredil domačin, dr. Viktor Grilc v več delih in sicer v knjigi Kratka zgodovina (druga, razširjena izdaja knjige je izšla leta 2003, ter v zadnji monografiki Podgrad - naših 1000 let, ki je izšla ob 1000 letnici prve omembe gradu nad Podgradom. Knjige je izdalo Kulturno turistično društvo Podgrad pri Ljubljani. Kar nekaj posameznih tem iz zgodovine pa je bilo objavljenih tudi v različnih zbornikih.
Iz časa iskanja in trgovanja s prvimi kovinami v zgodnji bronasti dobi verjetno izvira grška antična pripovedka o Argonavtih, ki se posredno dotika tudi Podgrada oz sotočja. Grška pripovedka o Argonavtih izvira iz 13. stoletja pr.n.št. in govori o grških junakih pod vodstvom Jazona, ki so kavkaškim Kolhijcem ukradli zlato runo bajeslovnega letečega ovna. Pred zasledovalci so z ladjo Argo bežali po Donavi, Savi in Ljubljanici (pripovedka omenja njuno sotočje), nato so jo zvlekli preko Krasa do reke Vipave in po njej v Jadransko morje.
Približno na mestu sedanje Ljubljane naj bi l.1223 pr.n.št. ustanovili naselbino (nekateri menijo, da so jo imenovali Emona) in v njej prezimili. Čas sovpada z obstojem bronastodobne naselbine pri Dragomlju, le pet kilometrov od Podgrada. Verjetno so bili Argonavti trgovci s kovinami, ki so dobro poznali geografijo Podonavja.
V neposredni bližini Podgrada, na pomolu prodne terase ob tedanjem sotočju Ljubljanice in Save (Gradišče pod Zalogom), je bila že v 1.stoletju n.št. zgrajena rimska utrdba. Imenovala se je po reki Savi (Savo Fluvio), saj so to reko Rimljani tu prvič zagledali. Lokacija utrdbe je slabo raziskana. Imela je zidano obzidje pravokotne oblike v velikosti 140x60 metrov, od katerega so deloma ohranjeni, a povsem zasuti, le zidani kamniti temelji.
V okolici (Kašelj, Zadvor) so bila številna zemljiška posestva (vile rustice). Zelo verjetno so imeli že Rimljani opazovalnico na sedanjem grajskem hribu.
Grad nad Podgradom ter posest okoli njega sta se imenovala Osterberg in naj bi po navedbah Valvasorja v Slavi vojvodine Kranjske nastala že l. 1015. Prva pisna omemba v zgodovinskih virih je iz l. 1256. Glavni lastniki so bili: Spanheimi, Gallenbergi, Raspi in Erbergi. Obstajata ostanka dveh gradov. Pot do njiju je enostavna in dobro označena. Prvi je stal na stranskem roglju Kašeljskega hriba na koti 445 metrov n.m. in so od njega ostale le še ruševine, ki so zaščitene kot kulturna dediščina.
Drugi grad, na najbolj severnem delu kašeljskega hriba je bil dvakrat prezidan in se zdaj imenuje Kanskyjeva vila, po nekdanjem lastniku kemične tovarne. Na njej je viden zid prvotnega gradu; na oskrbniški hiši pa je vzidan del rimskega nagrobnika, verjetno prinešen z območja rimske utrdbe pod Zalogom.
Doba kapitalizma je Podgrad zaznamovala s prometnicami in industrijo. Po Ljubljanici in Savi je nekda potekal živahen rečni promet v obe smeri. Glavno ljubljansko rečno pristanišče je bilo v Zalogu, zato je bilo veliko Podgrajčanov zaposlenih v tej dejavnosti. Za potrebe plovbe ladij tudi do 10 ton nosilnosti so strugi obeh rek vzdrževali in regulirali. S prihodom železnice l. 1849 je ladjarstvo po rekah prenehalo in rečni delavci so postali železničarji. Proga je vas prerezala na pol, a prodaja zemlje železniški družbi je bila donosna, tako da so si številni domačini lahko sezidali nove hiše.
Vodni tok Besnice in bližina železnice sta v Podgradu leta 1860 pogojevala odprtje ene prvih kemičnih tovarn na Slovenskem – Osterberške oljarice. Izdelovala je razna tehnična olja, barve, lake in firnež. Za pogon strojev so uporabljali vodno silo Besnice, pred 1. svetovno vojno pa že električni generator.